Ключевая цель в Startopia - вновь привести станцию к процветанию и величию. Для этого требуется заниматься исследованиями, копить деньги, следить за комфортной жизнью поселенцев, производить захват территорий и т.д. В игре присутствует множество рас. Юнитам можно отдавать приказы по обороне или атаке, если поблизости виден враг. Нанимая персонал, они исследуют технологии, лечат раненых, занимаются торговлей и многим другим. Постепенно прокачивается уровень персонажей, а некоторым можно дать повышение в звании. Для того, чтобы создать более высокий уровень комфорта, Startopia позволяет построить огромный сад. Накопленный материал можно либо продать, либо пустить на постройку важных объектов для лучшей жизни граждан.
Станция по мере того, как разрастается. начинает жить своей жизнью: кто-то ходит в бар, кто-то занимается садоводством, кто-то постоянно мусорит на улицах и т.д. В Стартопия присутствует комментатор, который всегда подскажет или прокомментирует действие и общее состояние вашей базы. Постепенно идя к тому, чтобы стать самым утопичным местом на планете, можно будет отправлять шпионов на другие базы, чтобы те произвели разведку или устроили диверсию в других городах, а вы этим временем привлекли их граждан к себе, завлекая низкими ценами и множеством развлечений, которые сделают их жизнь лучше и комфортнее.