Бэтмен уже два года ведет борьбу с преступностью, поэтому с точностью ознакомлен со своими врагами, с которыми ему придется встретиться в Batman: Arkham Origins. Разработчики заверили, что в новой части они усовершенствовали графические элементы, сделав Готэм более мрачным; поменяли озвучку и саундтреки, добавив игре динамики.
События развиваются до крупного бунта 5-ти летней давности. Черная Маска нападает на тюрьму Блекгейт, уничтожает половину сотрудников охраны, а потом берет в заложники Лоуба, комиссара местной полиции. Как оказалось, Лоуб был в сговоре с Черной Маской, но нарушил какой-то из пунктов договора, поэтому последний казнил его в тюрьме при остальных заключенных. Однако вскоре, в момент погони за Маской, на нас нападает убийца Крок. Мы с легкостью побеждаем его, а он дает информацию. Оказывается, за голову Бэтмена в канун рождества можно получить 50 миллионов долларов. Эта новость заставила сбежаться всех злодеев Готэма в центр, чтобы проучить мстителя.
Сюжет завязан на поимке Бэтмена в то время, как его нелинейность может повернуться для вас новыми открытиями. Так, например, мы видим, что у главного героя появились гаджеты для уклонения и защиты, а система боя была усовершенствована за счет новых приемов, складываемых в комбинации. Отдельно разработчики сделали игровой мир. Он теперь в два раза больше, чем в предыдущей игре, но его масштабы обусловлены и новыми преступниками, грабежами, поимками и террористическими актами. Помимо того, что мы будем спасать Готэм в сюжетном сценарии, нам предстоит обезопасить его изнутри, помогая простым людям выжить на улицах.