ATOMINE – это твин-стик шутер и по совместительству экшен-рогалик. Юзер управляет здесь вирусом, наблюдая за происходящим сверху. Вредоносная программа сражается с защитным софтом, пытаясь взломать систему управления ядерным оружием вооруженных сил некой страны. Чем дальше она продвигается, тем сильнее становится.
Инди-проект предлагает хардкорный геймплей. Игровой процесс бросает вызов. Геймеру придется положиться на свой скилл и удачу. В ATOMINE из-за механики перманентной смерти необходимо с одной попытки пройти всю серию уровней, разбитых на комнаты. В случае гибели придется заново всё начинать, но благодаря процедурной генерации при новом забеге все этапы уже будут выглядеть по-другому. На каждой карте необходимо уничтожить всех противников, чтобы продвинуться вперёд. Враги способны уничтожить нарушителя с нескольких выстрелов. Битвы с боссами тоже в наличии.
Аптечки помогают немного восстановить здоровье, но они попадаются редко. На локациях встречаются комнаты, где случайным образом выдают новое оружие и апгрейды. Разные пушки эффективны против конкретных типов недругов. Однако с первого выстрела уничтожить их нельзя. Из ликвидированных супостатов выпадают данные (местный аналог опыта). Постепенно открывается новое вооружение, противники, главари, предметы.