Платформер с видом сбоку — Aquaria — это сочетание 175 видов подводных существ, вся глубоководная фауна с жанром метроидвания и постоянно прокачкой персонажа. Наш протагонист — Найя, одинокая девушка, исследовательница подводных глубин. Вместе с ней нам предстоит узнать всё о подводных пещерах, познакомиться с множеством обитателей, скрафтить огромное количество предметов, чтобы проходить игру дальше. Героиня ничего не помнит, но отправляется в воду, потому что — вода помнит всё. Наша задача — помочь ей вспомнить всё, что происходило с ней в прошлом.
Чтобы разгадать тайну Акварии и узнать тайны о своей семье (о существовании которых Найя узнает от одного из морских чудовищ), нам предстоит постоянно плавать по локациям. На нашем пути будут встречаться обитатели глубин как позитивного настроя, так и враждебного. Сразу не угадаешь, поэтому периодически вы будете погибать из-за того, что плывете в неизвестность по неосвещенному лабиринту, в конце которого вас будет ждать враждебное существо, не подающее агрессивного вида.
Сокровища, предметы, ресурсы в игре — это предметы для крафта. С их помощью можно будет не только смастерить новое оружие, но и помочь Найе сделать собственный пул заклинаний. Она будет руководствоваться только вашим управлением, поэтому всё, что будет вам помогать — это случайные вставки её разговора.
Полностью открытый для прохождения сюжет имеет несколько ответвлений. Вы можете направиться по зову сердца (протагонист дает понять, когда вы двигаетесь в нужном направлении), а можете исследовать всё вокруг, чтобы сделать героиню ещё сильнее.
Плывя под толщей воды, вы будете открывать для себя затопленные корабли, случайные человеческие находки в щупальцах монстров. Этот мир сказочно нереален, но слишком красив.