Frozen Synapse 2 ориентирована на тактические столкновения небольших отрядов солдат. В целом, игрокам нужно ходить по очереди, но в то же время механики существенно отличаются от стандартных. Здесь обе стороны планируют свои ходы одновременно. Четкий интерфейс позволяет быстро планировать все действия, которые подразделения будут выполнять в течение следующих нескольких секунд. Можно дать им приказ двигаться, занимать определенные позиции, взаимодействовать друг с другом, прятаться за препятствиями или использовать гранаты и ракетные установки.
Определив действия, нужно нажать пробел, и тогда подразделения обеих сторон в конфликте послушно выполнят приказы от командиров. Таким образом, игра работает по иному принципу, чем поочередные ходы, в которых нужно просто реагировать на ходы противника. Вместо этого их следует предугадывать. Тот факт, что вражеский солдат занимает комнату на этапе планирования, не означает, что после возобновления действия он останется на том же месте.
На ход событий влияет ряд аспектов, и для победы необходимо совершенное владение правилами управления и игры. Например, можно решить, в каком направлении будет атаковать движущийся солдат, что обеспечит ему больше времени на парирование действий противника, чем, если бы он был повернут иначе. Подразделение, частично скрытое за укрытием, без проблем справится с наступающим противником. Кроме того, чем быстрее движется солдат, тем хуже его точность. Благодаря этим и другим боевым механикам сражения не случайны. Вместо этого их результат зависит только от персональных тактических способностей.