Некогда спокойный и надежный мир Aquanox стал нести огромную опасность для своих обитателей. Теперь здесь царит неразбериха, насилие и убийства. Сиквел к игре Archimedean Dynasty рассказывает сложную историю, которая имела место в далеком будущем. В симуляторе подводной лодки пользователь отправится на морское дно, где обитает главный герой. Игрок примерит роль Флинта - одного из наемников, который создал свою группу. Команда работает на влиятельных лидеров, выполняя их стратегические задания. Пользователь будет сражаться с другими наемниками, морскими чудовищами и военными. Здесь постоянно идут сражения в команде или в одиночку.
История началась в середине XXII века, когда ресурсы, необходимые для жизни людей просто иссякли. Это поворотное событие для человечества, которое принялось осваивать океанское дно. Здесь многие страны соорудили станции по добыче руды. Все шло нормально, пока запасы полезных ископаемых закончились и там. Теперь все страны спорят и ведут войны за остатки ресурсов, которые стали последними на Земле. Вследствие использования атомного оружия, все живое исчезло, а планета превратилась в опасную пустошь. Здесь начались всевозможные катаклизмы, наводнения, ядерные зимы.
Людям не осталось ничего, кроме как отправится жить на эти станции в океане. Правда, попасть туда сложно, ведь это могли себе позволить лишь обеспеченные люди. Вскоре они создали здесь целый мир - Сумерки Аквы. Несмотря на огромный слой органических веществ, который покрыл водные просторы, в полной тьме человечество получило шанс избежать полного исчезновения.
Идет 2661 год и выжившие обитают в просторных подводных городах. Аква разделилась на пару политических лагерей: Акватория капиталистов, Атлантическая федерация демократов, Клансоюз олигархов и Сёгунат с его монархией. На тихоокеанском юге нашли пристанище бунтари, анархисты, наёмники и пираты, готовые на все ради наживы.ЭнТрОкс стала единственной монополией, которая работает на людей, используя технологии для быстрого перемещения под водой.