Protocol VR начинается с того, что в далеком будущем на Землю попадает таинственный инопланетный корабль. Министерство обороны срабатывает молниеносно и летающий аппарат сразу же сбивается, от чего существам приходится совершить экстренную посадку. Главного героя, как самого опытного спецагента, отправляют на поиски этих инопланетян, чтобы разузнать, для чего они прибыли на планету. Однако следует придерживаться определенного протокола, в котором прописан весь свод правил и малейший проступок главперсонажа влечет за собой уничтожение. В качестве помощника персонажу дают робота с искусственным интеллектом его бывшей жены. Этот компаньон будет во время всего прохождения не скупиться на нелестные высказывания и подколы, а еще черный юмор.
Protocol VR совмещает в себе сразу несколько игровых жанров, являясь в первую очередь головоломкой. Квест предлагает задания по поиску предметов, ключей и альтернативных путей к инопланетной жизни, при этом сменяясь шутером от первого лица. Игра держит в напряжении на протяжении всего прохождения, заставляя геймера обращать внимание на каждую незначительную деталь. К примеру, будет задание, в котором игроку потребуется принять два препарата. Первый помогает нейтрализовать яд, который попал в кровь, но при этом лишает персонажа возможности различать цвета. А второй находится в зеленых ампулках, поэтому, если сразу не запомнить их расположение до вынужденного дальтонизма, то можно считать, что миссия провалена.