Batman: The Enemy Within - The Telltale Series представляет собой графическую новеллу, разделенную на 5 эпизодов. Геймплей состоит из поинт-н-клик-механики, где нужно искать активные предметы и решать головоломки. В моменты экшена игра переходит в QTE-режим. В процессе игры требуется принимать череду решений, которые отразятся на взаимоотношениях с другими персонажами или повлияют на общий сюжет.
В сюжете игры появится некий Джон Доу (он же Джокер), которого Брюс Уэйн повстречал в предыдущей игре, когда сидел в лечебнице Аркхем. Джон вышел на свободу и теперь ему нужен Брюс, чтобы тот помог ему и Харли Куинн чинить злодеяния на улицах Готэма. На протяжении Batman: The Enemy Within - The Telltale Series предстоит принимать нелегкий выбор между тем, какая же маска более настоящая: Брюса Уэйна или Бэтмена. Сюжетная линия во многом содержит такие повороты, которые могут показать, как Темный Рыцарь идет по скользкой дорожке, в то время, как Джокер может пойти по пути героя.
В игре повстречаются такие персонажи, как Женщина-Кошка, Джим Гордон, Загадочник, Альфред Пенниуорт и много других. Некоторые задания позволят сделать выбор между тем, как проникнуть в здание: под маской героя или в деловом костюме. Брюс будет действовать, как дипломат, в то время, как Бэтмен понимает лишь язык силы. Многие уровни позволят вести полноценные детективные расследования, пытаясь определить произошедшие события и отыскать всех виновников преступления. "Бэтмен: враг внутри" не раз заставит оказаться на развилке двух дилемм, каждая из которых приведет к серьезным последствиям.