События Gene Troopers: Совершенные убийцы разворачиваются в далеком будущем. Вселенная разрывается из-за бескомпромиссной войны, в которой самой сильной фракцией стали группировки генетически измененных существ. Создатели наделили их сверхспособностями и уникальными навыками. Эти солдаты захватывали города и планеты, покоряя новые измерения и безостановочно слушая своих создателей.
Исследователи добывали новые ДНК-материалы и совершенствовали своих воинов, делая их более могучими. Ученые пополняли ряды своей фракции еще более усиленными созданиями. Не было ни одной расы и армии, способной остановить генетических бойцов. Война добралась до планеты центрального персонажа, где большая часть инфраструктуры была уничтожена, огромный процент населения убит, а дочь протагониста похищена. Главный герой подвергся мутациям и был также улучшен, но его создателям не удалось перенастроить сердце и душу.
Протагонист начинает пользоваться полученными силами против ученых и других бойцов. Охваченный жаждой мести, он берет контроль в свои руки и решается пройти через 6 планет, подвергшихся войной. Ему предстоит сражаться с подобными врагами и приспешниками фракции, добывая генетические материалы и постоянно улучшая свои возможности. В битвах он воспользуется футуристическим вооружением и сверхчеловеческими умениями, полученными в ходе операций. Игрок в Gene Troopers пройдет через 6 оригинальных сред со своим дизайном, противниками и боссами. Действия и выборы геймеры напрямую повлияют на дальнейшее повествование сюжета и концовку.