Alien Virus использует научно-фантастический сеттинг. Действие происходит на космической станции Zeus. Пилот Джошуа прилетает на этот объект, чтобы повидаться с местной сотрудницей Карой. Однако внутри он не находит ни её, ни любой другой живой души. Героя встречает пустой ангар и поломанный робот. Парень пытается отыскать свою знакомую и заодно разобраться, что же тут произошло на самом деле.
Alien Virus – это квест с видом от первого лица. Протагонист перемещается по локациям между практически статичными экранами. Вращать камерой и поворачиваться нельзя. Большую часть времени в данной игре нужно бродить по станции и заниматься пиксель-хантингом. Загадки тоже встречаются, но их не так много. Также тут можно общаться с неписями. Во время бесед с ними всплывает диалоговое окно с выбором тем.
Свободного изучения локаций как такового нет. Главный персонаж в основном идет только вперед и попадает в строго определенные места. У героя есть инвентарь (он отображает всего 6 позиций, поэтому его нужно проматывать) и разные гаджеты. Например: прибор, способный менять размеры предметов, или лампа, что отгоняет расплодившуюся повсюду инопланетную живность, которая обожает темноту и поедание людей. В этой игре можно легко умереть, однако она позволяет часто сохраняться и загружаться.