Протагонистом Bully: Scholarship Edition стал Джимми Хопкинс, которого отчислили из прежней школы за хулиганство. Мать отправила сына в Академию Булворта. Здесь парень будет пробиваться к верхам иерархии, сражаясь с местными группировками. Центральное место в геймплее занимает издевательство над учениками. Зачастую Джимми показывает свое превосходство в драке. Когда противник истощен, наносится специальный унижающий прием. Есть и другие методы устрашения ботаников, например, запереть их в шкафчике. Все правонарушения заполняют шкалу хулиганства. При большом показателе его могут задержать местные блюстители порядка – учителя, полицейские и санитары. После поимки делается выговор или назначается наказание в виде исправительных работ.
У главного героя есть распорядок дня, который можно соблюдать или нарушать, что приведет к определенным последствиям. Так если не лечь спать в положенные 23:00 школьник просто вырубится от усталости и потеряет все собранные вещи, кроме рогатки, скейта, фотоаппарата и резинового мяча. Если Джимми заснет снаружи, его обворуют и украдут ботинки.
Есть 10 учебных курсов: английский язык, география, биология, математика, музыка, фотография, и другие. Каждый предмет включает 5 уроков с постепенно возрастающей сложностью. Занятия выполнены в виде мини-игр, где за победу геймер получает бонусы. Уроки можно посещать или прогуливать.
Помимо прохождения сюжетной линии в игре доступен открытый для изучения мир. В каждом районе можно взять дополнительные задания. Также есть множество побочных квестов, за чье выполнение Джимми зарабатывает деньги и улучшает свои навыки. Хопкинс обладает арсеналом оружия: рогаткой, петардами, картофелеметом, баллончиком с краской, бейсбольной битой, и т.д. Для передвижения используются карт, мотороллер, велосипед и скейт.