После загрузки Flutter Bombs предоставляет меню, предлагающее 3 режима. Здесь, с поддержкой до 4 игроков, можно перейти в режим кампании, выживания или встречи с боссом. Геймеру предстоит взять на себя роль бабочки и пройти через множество испытаний, уничтожая орды врагов. Есть несколько персонажей на выбор, и они должны быть разблокированы во время прохождения кампании. Все они двигаются, прицеливаются, стреляют и действуют одинаково.
Есть два режима огня - основной будет состоять из постоянного шквала выстрелов, а вторичная атака будет зависеть от бабочки, которая будет доступна. Чтобы отразить любую атаку, нужно собрать нектар. Он находится на растениях, которые можно собирать постоянно. Более того нектар восстанавливается через короткий промежуток времени, если на какой-то локации чувствуется его нехватка. Это гарантирует, что в распоряжении будет бесконечное количество огневой мощи.
Игроку необходимо убивать жуков, пока не появится босс. Расправившись с ним, можно переходить на следующий уровень. Прогрессируя, можно открыть разные апгрейды и новые способности. Вверху по центру экрана находится шкала, которая заполняется всякий раз, когда удастся уничтожить вражеских жучков. Когда геймер убьет определенное количество недругов, апгрейд появится из находящегося поблизости цветка. На каждом уровне есть 5 улучшений.
Недруги варьируются от летающих муравьев до всевозможных жуков, которые будут стрелять снарядами. Ключ к успеху - знать свое окружение и понимать, как враги ведут себя и атакуют. Многие будут преследовать бабочку, куда бы она не отправилась. Если шкала в верхней части экрана полностью заполнится, это означает, что грядет битва с боссом.