The Church in the Darkness – экшен-адвенчура с религиозным сюжетом, повествующим о культе, желающим построить Город Свободы в северно-американских джунглях. Вступление в эту секту не является принудительным, но лидеры умело манипулируют слабостями людей, и сладостными обещаниями завоёвывают доверия многих. Временем действия выбран прошлый век, а именно 1977 год.
Протагонистом сюжетной кампании становиться бывший полицейский Вик, имеющий богатый опыт и развитую дедукцию. Он узнает о культе "Миссия Коллективной Справедливости" тогда, когда его племянник Алекс попадает к ним. Он уже успел отправиться в джунгли для ведения службы в строящемся городишке, где все члены культа смогут быть свободными от остальной цивилизации телом и душой. С целью проведать Алекса и узнать, как он, не удерживают ли его силой и всё ли в порядке, Вик должен пробраться на территорию строящего поселения и изучить поподробнее всё, что происходит там.
Лидерами организации выступают Айзек и Ребекка Уокеры. Они решили сбежать от правительства США, считающих их радикалами. Поэтому и было выбрано местом строительства джунгли вне Штатов. В лагере сектантов Вику предстоит общаться с многими из них, узнавать от них детали, необходимые для прохождения, находить документы и записки. Геймеру предлагается множество различных действий для получения одной из нескольких концовок, на которые напрямую от решений игрока. Например, есть возможность попытаться забрать Алекса домой или присоединиться самому к обществу. Мешать на протяжении всего прохождения "Церковь в темноте" будут охранники, их нужно незаметно устранять или убивать в открытых перестрелках, выбор всегда за игроком.