Super House of Dead Ninjas – это смесь рогалика, экшена и аркадного платформера с видом сбоку. Юзер управляет девушкой-ниндзя. Геймеру дается 40 секунд, чтобы прорваться к боссу сквозь ловушки и врагов. После победы над ним цикл повторяется, но уже в других декорациях. В игре 52 типа противников и 8 разновидностей главарей. На уровнях можно найти бонусы, восстанавливающие таймер. Если не уложиться вовремя, то появится мощный монстр и убьет женщину.
Ниндзя, к слову, гибнет с любого попадания. Но ей выдается несколько дополнительных жизней. Вместо подземелья в Super House of Dead Ninjas используется случайно генерируемая башня, состоящая из разных комнат (всего есть около 230 их вариаций). Героиня начинает с самой вершины и быстро спускается по этажам. По пути она расправляется с недругами и уклоняется от их атак или опасных элементов окружения, вроде шипов. У неё есть оружие для ближнего и дальнего боя, магия и бомбы. Всё это можно заменить. При убийстве супостатов растет быстро уменьшающаяся специальная шкала. Если её заполнить, то женщина-протагонист впадет в ярость.
За выполнение внутриигровых достижений открываются новые костюмы, перманентные улучшения и вооружение. Если сначала девушка бегает с острыми когтями и сюрикенами, то потом она вооружается, к примеру, хлыстом и пистолетом. Можно разблокировать нунчаки, мечи и другие смертоносные предметы. Все типы дальнобойных атак расходуют свой запас снарядов. Бомбами и магическими заклинаниями разрешают уничтожать не только недругов, но и каменные блоки. Присутствует возможность поиграть за альтернативного персонажа и открыть дополнительную концовку.