Rex Rocket рассказывает об инциденте, произошедшем в далеком будущем. Однажды ученые просят экипаж корабля SS Montana отвезли на необитаемую планету необычную форму жизни – особых слизняков. Когда команда ложится в крио-капсулы и засыпает, эти особи сбегают и сводят с ума бортовой компьютер. Главному персонажу надо остановить ИИ, вернуть контроль над звездолетом и спасти своих коллег.
Под названием Rex Rocket скрывается метроидвания с двухмерной пиксельной графикой и видом сбоку. Вначале дают выбрать пол персонажа. В зависимости от него протагониста будут звать Рексфордом или Рексанной. Герой является ветераном и по совместительству капитаном корабля. Ему предстоит исследовать сильно изменившееся судно, состоящее из 100 отсеков.
Изначально персонаж может только скользить по стенам, прыгать, бегать, вести огонь в четырех направлениях. Ещё можно замедлять скорость падения и повышать высоту прыжка, стреляя в воздухе себе под ноги. По мере прохождения герой войны получает новые способности: ракетный ранец, возможность заряжать выстрелы, умение телепортироваться и т. п. Подобные навыки позволяют попадать в ранее недоступные места и помогают в битвах с противниками, особенно во время сражений с боссами. Помимо основного оружия есть несколько типов дополнительных пушек. Эти стволы тратят свои запасы энергии, что постепенно сами восстанавливаются. Можно увеличить для них размер обоймы, если найти специальные апгрейды. Другие подобные предметы дают возможность расширить максимальный запас HP или восстановить все здоровье. Также встречаются блоки данных, раскрывающие местный лор.