В Prototype мы играем за Алекса Мерсер — человек, попавший под опыты одной организации, сделавшей его Прототипом. Новые способности и сила могут сделать вас сверх-существом на планете, но вы хотите любить, радоваться и вернуть свою память, которую у вас забрал эксперимент. Теперь, когда вы стремительно ищете путь к самой организации, чтобы заставить их платить за совершенное, вас ничто не остановит, кроме памяти. Её вернуть получится только с большими усилиями. Сюжет строится на том, что герой остался у разбитого корыта. Он не помнит, что с ним было до эксперимента, не знает, почему согласился на него, и было бы это обоюдным решением.
В первой части Прототайп многих деталей так и не раскрывают, зато в геймплей отлично вставлен современный мир с его нынешними реалиями, где Алексу предстоит искать зачинщиков. У персонажа есть несколько уникальных способностей, из-за которых он страдает. Первая — постоянная смена оружия. Вы сами решаете, на что переключиться в следующей схватке. Это может быть металлическая гигантская цепь, смертоносный клинок или щит с клешней, которую не пробить пулями, не переехать на автомобиле. Также вы сами меняете структуру своего тела: оно может принимать безликую формы водного существа, а может стать броней, которую не возьмет ни одна пуля.
Геймплей не обидел Прототипа и в паркур-сценах. Бегать по крышам — прошлый век в игровой индустрии. В реальном мире мы будем бегать по стенам, перевоплощаться в других людей, забирать их память, проблемы и деньги (которые нам не нужны). Единственное, что знает ваш герой — это способности к тепловидению, нахождению зараженных персонажей (они находятся под воздействием эпидемии игры) и то, что вас влечет к себе Айдахо.
Prototype – экшен шутер от третьего лица с открытым игровым миром. Игроку предстоит взять контроль над Алексом Мерсером, обычным человеком, обнаружившим в себе сверхъестественные навыки, с помощью которых он мог перевоплощаться в мутанта, бегать по зданиям и совершать невероятные прыжки. Пользователь способен свободно исследовать окружающий мир, выполнять побочные и главные миссии. Действия происходят в городе Нью-Йорк. На карте будут расположены все контрольные точки, базы противников, рядом находящиеся враги и квесты. Эпидемия сюжет вспыхнуть в любой момент, тогда люди начнут нападать на протагониста, а ему придется драться и убивать всех, кто стал жертвой заразы.
Сюжет Prototype повествует, что люди считают главного героя началом этой эпидемией и все военные охотятся на него, чтобы убить. Персонаж не сможет покинуть пределы острова Манхеттена, поскольку он окружен водой, а если он прыгнет туда, то сразу же вернется обратно. Алекс способен собственноручно уничтожать танки, взрывать вертолеты и крошить сотни врагов за короткий промежуток времени. По мере прохождения Мерсер будет открывать для себя новые способности, с помощью которых сражения будут гораздо легче, а его нечеловеческие способности станут только сильнее.