В LEGO Marvel Super Heroes персонажи «доброй ветки» и злодеи будут охотиться за блоками. Такие герои как Халк и Железный Человек будут спасать мир от Локи и его злодеяний, а остальные охотиться за частями доски. Настоящее зло, пробудившее войну между героями Marvel, возвращается из космоса, и только дошедший до конца игрок поймет, что на самом деле угрожало планете. Доктор Дум и Локи ловят Серебряного Серфера и разбивают его доску, из-за чего та распадается на полноценные блоки, которые будут раскиданы в хаотичном порядке по всей карте.
Как оказалось, Зло — это Галактус. Чтобы появиться на Земле снова, ему необходима доска Серебряного Серфера. Он может прийти только при условии, что ни один блок не достанется в руки обладателя. Поэтому готовьтесь, прохождение игры будет тяжелым! Лего-версия Нью-Йорка выполнена без детализированной точности. Герои будут покорять вершины особняков, драться на парковках, исследовать закоулки и парки. Следовать туда, где, по мнению Ника Фьюри, находятся обломки доски. Герой начинает своё похождение за Халка и Железного Человека. Эти персонажи знакомы нам по киноленте — Мстители — поэтому они открывают сюжет. Также для игрока будут доступны 115 персонажей из вселенной Marvel, но в основном, это будут «добрые» герои, помогающие воссоздать баланс справедливости в мире. Все они обладают уникальными способностями, которые придуманы в комиксах.