Компания A.I.M. предлагает воспользоваться услугами наемников в Jagged Alliance: Crossfire. Вскоре у нее появляется конкурент - M.E.R.C., которую создали двое бывших солдат, покинувших корпорацию. В первую входит более пол сотни наемников; некоторые из них покидают компанию по разным причинам, но Тень, Гас Тарболс и Иван Долвич всегда на службе.
В этот раз некая персона заказывает освобождение целой страны от солдат его конкурента и руководителя религиозных фанатов - Болазвена. Заказчик обещает крупную деньги за проделанную работу, поэтому протагонист приступает к сбору команды. Бойцов выбор огромный, здесь важно учитывать их специализации, навыки, экипировку и обладают уникальными навыками и специализациями. Здесь, оплата идет не почасовая, как в оригинале, а сразу вся сумма в 30 тысяч долларов, что тратятся на всевозможную амуницию каждого из членов группы.
Здесь пользователю предстоит составлять свой бюджет и распоряжаться денежными средствами умело. Сначала будет доступна малая сумма, поэтому предстоит подбирать на первое дело новичков. Денег хватит либо на одного или нескольких матерых бойцов, или же на команду новеньких. Вскоре геймер поймет их достоинства и недостатки и научится правильному соотношению сили и цены. Врагов видно на карте, поэтому увидев противника, юзер направляет свою группировку осуществлять обстрел. Бойцами необходимо командовать в процессе, и следить за четким выполнение миссий.