История Indivisible рассказывает про героиню Ажны, которая пытается узнать правду о своих суперспособностях. По мере прохождения к ней будут присоединяться другие персонажи, а сама девушка получать новые возможности, дающие попасть в ранее неизведанные локации, поскольку игра содержит элементы метроидвании.
С каждым шагом враги становятся сложнее, а боссы свирепее. Необходимо разработать тактику и взаимодействие между подчиненными, чтобы максимально эффективно действовать в бою. Герои, встречающиеся на пути, прячутся протагонисткой в подсознание. Эта способность называется "поглощением". Там, в ее голове, они будут рассказывать о своем прошлом, общаться и спорить. Они могут вызывать как симпатию, так и сочувствие. Но главная их цель - выступать мощным оружием, под руководством Ажны. Поначалу девушка ведет себя глупо и безрассудно и как типичный подросток, но проходит полный путь героя, осознав свои силы и значимость для мира.
Каждый поглощенный герой обладает собственными способностями. У каждой инкарнации индивидуальные движения, характеристики и боевая механика. На поле боя можно вызывать одновременно 3 бойца (сражаются в партии 4 бойца, включая Ажны). Накопив достаточное количество очков, можно провести усиленный удар. Атаки противников следует вовремя блокировать. Сеттинг игры выполнен в буддийском стиле. Встречаются элементы тибетской, китайской и мезоамериканской культур. Присутствуют уровни, выполненные в киберпанк стилистике. Стоит добраться до Порта Мерифы, чтобы увидеть всю красоту здешних ландшафтов.