Особенность Grand Theft Auto 3 является то, что это первая часть франшизы, переехавшая в полноценное трехмерное пространство. Игроку достается роль наемника Клода, которого жестоко подставили его соратники - Каталина и Мигель. Протагонисту удается избежать заключения и теперь его цель - отомстить предателям. При этом он попадет в войну группировок, среди которых Дьяволы, Триады, Ярди, Худз, Якудза, Мафия и Колумбийский картель. Действия ГТА 3 происходят в Либерти-сити - городом, аналогом которого выступает Нью-Йорк.
Игровой процесс представляет собой шутер от третьего лица с элементами аркадных гонок. Герой свободно перемещается по открытому миру и волен делать все, что заблагорассудится: убивать прохожих, угонять любой вид транспорта, выполнять различные основные и второстепенные миссии и многое другое. Задания можно брать как в телефонных будках, так и поговорив с определенными NPC. Когда задание запущено, другие активности временно недоступны.
Когда игрок совершает преступные действия, он зарабатывает "звезды" розыска. Всего в Grand Theft Auto 3 их пять. Они отличаются степенью интенсивностью поиска протагониста. При мелком нарушении за Клодом будет охотиться обычный патруль, при более серьезных нарушениях появится полицейский вертолет и отряд спецназа, а если набрать максимальный уровень преступления, то за героем будет выслан наряд спецназа, спецагентов и даже танк! Чтобы скрыться от погони, требуется собирать на карте соответствующие иконки или перекрасить машину в другой цвет.
Если персонажа арестуют или убьют, он стартует из отделения полиции или госпиталя, лишившись всего оружия и части денежных средств. Арсенал оружия представлен пистолетом M1911, Micro Uzi, АК-47, M16A1, гранатометом, огнеметом, различной метательной экипировкой и т.д. Автопарк позволяет прокатиться на 54 видах транспорта, включая легковухи, грузовики и мотоциклы, 4 типах лодок и полетать на самолете.