В G.I. Joe: Operation Blackout все началось с атаки на USS Flagg, а организации Cobra удалось захватить планету. Они спроектировали могущественное устройство Blackout Sphere, способное отключить все электричество в мире. Тот день, когда Кобра одержала победу, назвали C-Day. Теперь вражеская фракция пытается добраться до Джо, поскольку они желают узнать, где спрятался их лидер. Главному герою предстоит найти других товарищей в группировке и сразиться с могущественной компанией, чтобы вернуть Земле процветание.
Возьмите управление над 1 из 12 персонажей из команды Джо или Кобры, включаю Штормовую Тень, Дестро, Скарлетт, Герцога, Блокпоста, Баронесса, Командира, Зартана и других. Геймплей имеет кооперативную сюжетную линию с разделенным экраном, а также соревнования между пользователями на небольших картах. Многопользовательская игра включает 4 режима: "Бой насмерть", "Захват флага", "Нападение" и "Царь горы".
Геймплей представлен в виде шутера от третьего лица, а юзеры воспользуются 18 видами вооружения, скинами для пушек и альтернативными костюмами для персонажей. Подопечные обладают разрушительными способностями и смогут управлять культовыми танками, побывают в штаб-квартире Кобры и других местах. В кампании можно помочь восстановить мир, либо захватить его или сражаться с другими геймерами в командных боях и открывать доступ к бонусам.