Военные разработки приводят к искажению времени в Time Commando. Секретный компьютер, который изобрели военные, заражается мощным вирусом, способным изменять временную структуру. Заразившись, ПК передаст вирус всем остальным компьютерам в мире, что грозит серьезным катаклизмом и исчезновением планеты. Герой должен восстановить память ПК, чтобы предотвратить трагедию. Пройдя исторические периоды, персонаж примет участие во многотысячных войнах. Здесь есть доисторический этап, Римская Империя, Средневековье, феодальная Япония, Крестовые походы, Дикий Запад, современные и футуристические войны и мир самого ПК. В процессе игрок использует вооружение соответственного периода: катаны, винтовки, заклинания, йо-йо и пистолеты.
В 2020 году концерн изобретает суперкомпьютер, управляющий временем. Военные во главе с "Историческим Тактическим центром" проводит операции по симуляции. Организация испытывает вооруженные схватки в разных периодах истории. Чтобы защитить суперкомпьютер от диверсий и кибернетического саботажа, была создана группа Special Action for Virus Elimination для защиты от кибератак. В здание с суперкомпьютером проникает конкурент, внедряя вирус, поглощающий временной отрезок существования людей на земле - "Predator". Командир SAVE, Стенли Опар, неся службу, вступает в воронку, чтобы предотвратить распространение опасного ПО. Герою предстоит победить военачальников и их сторонников на каждом из девяти исторических этапов.
Геймер проходит уровни, убивая недругов на пути, используя аутентичное оружие выбранных времен. Множество левелов обладают таймером с указанием того, сколько времени остается до захвата мира вредоносным ПО. Обнулить датчик можно при помощи компьютерных чипов, расположенных на отдельных контрольных пунктах. Чипы, оружие, жизни и кристаллы собираются в процессе прохождения уровня.