Commander Keen - платформер, состоящий из двух эпизодов. В центре сюжета ребенок по имени Коммандер Кин. Он отправляется в приключения по Земле Теней, чтобы спасти Совет. Эта организация может выйти на Оракула, которая знает о расе Шикади - существах, способных уничтожить галактику. Этим событиям посвящена первая половина игры. Второй эпизод начинается с того, как Кину предстоит уничтожить Машину Армагеддона, принадлежащей Шикади.
Игровой процесс Commander Keen in Goodbye, Galaxy! представляет собой стандартный боковой скроллер, где герой может перемещаться по локации и прыгать. По уровням расставлены пожарные шесты, позволяющие быстро спускаться или подниматься. Герой способен цепляться за выступы платформ. Между уровнями доступна глобальная карта, по которой также можно перемещаться. Некоторые уровни не обязательны в прохождении основной кампании.
Каждый эпизод представлен уникальными типами врагов. Некоторых противников можно оглушать, а некоторых необходимо избегать. В первой части игры потребуется сразиться со слизняками, гигантскими прыгающими грибами и летучими мышами и т.д., а во второй - роботами и энергетическими врагами. Локации наполнены различными ловушками и препятствиями, среди которых пропасти, летящие дротики, огонь и т.д.
Доступно 3 уровня сложности. У Кина есть оглушающий пистолет, которым можно вывести из строя врагов аж до самого конца уровня. Для каждого типа врага необходимо свое количество выстрелов. Некоторые монстры имеют иммунитет. Собирая еду, начисляются бонусы, а также дополнительные жизни. Цветные ключи открывают доступ к секретным локациям.