Действия Xeno Time Inception происходят в далеком будущем. Мир погряз в коррупции, технологиях и экономическом кризисе. Главному герою Карлу Смоуку предстоит сложное путешествие, в котором его ожидают изгибы времени и параллельные миры. Неожиданно случается дисфункция системы контроля кристалла, контролирующая поток времени. В связи с этим происходит электромагнитный и временной катаклизм.
В центре событий оказывается протагонист. Теперь ему предстоит пройти 15 уровней насыщенного действия, сражаясь со множеством врагов. В его распоряжении бег, двойные прыжки, скольжение и бег по стенам. Динамичный экшен чередуется с различными временными парадоксами. Из особых способностей доступны перемотка назад, замедление и полная остановка времени.Эти навыки помогают не только в сражении с противниками, но и в решении множества головоломок. Карл использует две пушки модели X-159E и X-352, которые можно модифицировать и прокачивать. В Xeno Time Inception присутствует порядка 250 комбинаций улучшений, позволяющие стволы превратить в плазменные пушки или оружие массового поражения, создающее черные дыры.
Герой обладает навыками рукопашного боя, используя не только свои руки, но и топор. С помощью окружающей среды можно с легкостью расправляться с противниками, взорвав бочку с топливом или скинув врага на шипы. Игра насчитывает около 20 разных видов противников, включая боссов. Броня делится на 4 класса: T1, T2 и T3 и T4. Каждая из них разрабатывалась для конкретных целей: возможность поглощать урон, поднимать тяжелые вещи и многое другое. Броня содержит несколько модификаций: здоровье, щит, ночное видение, поставка кислорода и т.д.