Вместе с E.Y.E: Divine Cybermancy пользователь окажется в мрачном будущем в киберпанковом сеттинге. РПГ с элементами шутера была создана на движке Source, который ранее использовали при разработке популярных стрелялок. История рассказывает о сложных обстоятельствах, в которых однажды оказалось человечество. Череда событий привела к тому, что люди вступили в вооруженный конфликт с некой космической расой. Эти создания отличаются умением использовать некую псионическую силу - meta-streumonic.
Вначале пользователь создает персонажа и его генетический профиль. Убив недруга, протагонист получает деньги, необходимые для разных кибер-улучшений, и опыт для улучшения собственных характеристик. Здесь есть масса вариантов уничтожить противника. Для этого пользователь может выбрать скрытое прохождение, а также дальнюю или ближнюю атаку. Например, можно убрать цель при помощи снайперки и остаться незамеченным, а можно прорваться к врагам и перестрелять всех, или просто прокрасться в здание и выполнить кибер-атаку, заразив вирусом нужные элементы.
Чтобы победить более сильного противника, людям пришлось создать мега-корпорацию, объединившись с дружелюбной расой пришельцев. Она помогла человечеству своими технологиями, необходимыми для победы. Герой вступит в подразделения элитной армии E.Y.E., образованной воинами-монахами секретного ордена Secreta Secretorum. Члены группировки обладают пси-способностями, а также могут использовать кибер-имплантаты. Получив доступ к новаторским технологиям, все участники ордена получили новые возможности в сфере кибернетики, пси-тренировок, и получили часть ДНК от представителя вражеской расы.
Прохождение начинается когда протагонист, проснувшись после последнего боя, понимает, что все его боевые товарищи были убиты. Их наставники пошли против всемирной власти - объединенной корпорации, в которой состоят многие планеты - Федерации. E.Y.E. разделяется на два лагеря, у каждого из них появляется лидер - это Культ Деи, к которой принадлежит персонаж, и Цзян Шан Ди. Обе стороны втянуты в тайную гражданскую войну, которая, лишь спустя десяток лет прекратилась, ведь пришлось сплотиться ради победы над Федерацией. Политические заговоры и борьба за власть и стали основой для атаки meta-streumonic, которые под шумок решили уничтожить население Земли.