Сюжет Painkiller: Fear Factor начинается с того, как главный герой Дэниел Гарнер едет со своей женой отпраздновать ее день рождение, но попадает в страшную аварию, вследствие которой его возлюбленная попадает в Рай, а протагонист оказывается между двумя царствами. Через 30 лет к нему приходит Саммаэль, который объясняет, что главгерой застрял в Чистилище и если он хочет навсегда обрести покой вместе со своей второй половинкой, следует помочь восстановить мир и победить все вражеские войска Люцифера. Именно с этого момента и начинаются приключения.
Поскольку Painkiller: Fear Factor является модом, в нее были добавлены новые элементы геймплея, а также предметы, снаряжение и сюжетные повороты. Персонаж сможет пообщаться с Евой, которая укажет путь на карте, побороться с четверным генералом дьявола Аластором, попутешествовать по кладбищу, катакомбам, храмам и монастырям. В каждой новой локации геймера будет ждать соответствующие задания, например, в церкви можно будет столкнуться с боссом игры, а на кладбище одержать победу над демонами разных классов, выползающих из свежих могил.
В модификацию было добавлено оружие и теперь амуниция составляет всего 20 единиц, но при этом игрок может взять с собой только 8 пушек на выбор. Доступна обновленная версия дробовика и культового коломета. Помимо этого, в шутере была проработана графика и спецэффекты, а еще некоторые персонажи. В моде осталась возможность выбора уровня сложности, начиная "дремой", заканчивая "безумием". Если пройти на высокой сложности, геймеру станет доступна альтернативная концовка.