Сюжет One Piece Pirate Warriors 3 завязан на том, что пираты отправляются на поиски древнейшего сокровища, который был спрятан на острове Рафтель. Манки Луффи является предводителем морских разбойников и вместе со своей командой отправляется в увлекательное путешествие с множеством трудностей на пути. У главгероя резиновое лицо, которое он может надувать, словно воздушный шар и атаковать противников, откидывая их на большое расстояние.
Все локации разделены на группы, в которых протагонисту с его командой Соломенной Шляпы предстоит побороть вражеских налетчиков или дозорных. Эти мобы не обладают какими-либо преимуществами, однако, боссы на каждом уровне в лице командиров отряда, Крокодайла или Энеля существенно потреплют нервы геймеру. Игрок сможет посетить остров Рыболюдей, отправиться в приключения в Дресс Розу или Маринфорд, где страдают простой люд от гнета злодея Донкихота Дофламинго.
Во время прохождения One Piece Pirate Warriors 3 можно переключаться между союзниками, управляя каждым поочередно. Боевая система не выделяется среди похожих игр, представляя собой простые комбинации из сильных или слабых ударов. Зато одной комбинацией приемов можно раскидывать нападающих направо и налево. Есть и хитрости, например, Санджи не может справиться с женщинами-противниками, Луффи может использовать состояние Overdrive, наделяющее его преимуществами, а Зоро то появляется, то исчезает.
За успешные битвы геймеру начисляются монеты, которые можно потратить на улучшения для каждого из персонажей. Бонусы можно получить, выполняя дополнительные миссии, например, выиграть бой, не потеряв ни одного из членов команды, доставить ценный клад или найти спрятанный рычаг, открывающий тайный ход. В игре доступны три режима – свободный, сюжетный и дополнительный, с бонус-персонажами.