История Shelter 2 рассказывает о беременной рыси по имени Инна, которой удалось сбежать от волчьей стаи и родить четверых котят. Их и предстоит выращивать игроку, предварительно дав имена, которые можно выбрать из готового списка или придумать. Пока детеныши растут, взрослая рысь должна ходить на охоту и самостоятельно охотиться на зайцев или другую еду. Когда котята подрастут, они хотят на охоту вместе с матерью.
В Shelter 2 можно перемещаться по нескольким локациям, где будут подстерегать хищники, происходить лесные пожары и меняться погода. Для поиска добычи можно отправиться в горы, на равнину или в лесную прогалину, где и живет рысь. В горной местности можно охотиться на мышей, но в любой момент может атаковать медведь. Равнина – место обитания оленей, но есть риск нарваться на волка. Прогалина заселена кроликами, но местность часто атакуют орлы и могут в лапах унести рысенка.
Птицы тоже могут послужить добычей, а напасть на детенышей могут еще и лисы. Если детям пища нужна для выживания, то у взрослой рыси при помощи питания сохраняется скорость и восстанавливаются силы. Также доступно коллекционирование веток, камней, перьев или черепов пойманных зверей. Если не уследить за детьми, они погибнут, а те, кто выжил, через год уходят от матери и игра заканчивается. После этого можно начать новую за одного из потомства. Игровой мир представлен минималистичной рисовкой и атмосферным саундтреком.