Модификация Корсары 3: Тайны Дальних Морей позволит геймеру поиграть за молодого авантюриста Питера Блейка. Мужчина прибывает в испанский порт Сан-Себастьяне, где ему предстоит стать капитаном корабля, однако, как только он приплывает на Карибы, его арестовывают и сажают в тюрьму. Из разговоров сокамерников главный герой узнает о таинственных сокровищах, на поиске которых он и зацикливается. Сбегая из английского заточения, игрок отправляется в путешествие по всему миру.
Поскольку Корсары 3: ТДМ является, прежде всего, дополнительной модификацией к основной сюжетной линии, внимания заслуживают именно побочные задания. Геймер может свободно путешествовать по открытому миру, а если прохождение главных миссий наскучит, выполнять дополнительные поручения, например, отправиться грабить другие судна или продавать на рынке драгоценности. Мод вдохновлен фильмом Пираты Карибского Моря, из которого взяты основные действующие лица для задач. Благодаря этому факту можно будет побывать в шкуре самого Джека Воробья, Дейви Джонса или Уильяма Тернера.
Помимо новых главных и второстепенных героев, в игру были добавлены обновленные модели судна и оружия. Теперь стандартные люггеры, бригантины, галиоты и баркентины можно заменить на бонусные посудины в виде Перехватчика, Арабеллы, Летучего Голландца, Черной Жемчужины и Фортуны. Появились классы амуниции, включающие в себя легкое, тяжелое и огнестрельное снаряжение. Теперь игрок сможет пострелять из королевского револьвера, гидры, мортиры и даже пистолета Эдварда Титча.