Shadow Dancer - динамичный платформер, выступающий третьей частью франшизы Shinobi. В центре истории главный герой по имени Дзё Мусаси. Вам предстоит пройти множество разнообразных линейных уровней с боковой прокруткой. Среди локаций вам с героем необходимо пройти аэропорт, улицы города, строительные конструкции и многое другое. Все этапы разделены на подуровни.
Протагонист не только сражается при помощи оружия ближнего боя и вспомогательных устройств, но и выполняет различные второстепенные задания. На уровнях Shadow Dancer: The Secret of Shinobi может появится задача по обезвреживанию бомбы или т.п. По окончанию каждый главы ждет напряженный поединок с боссом. Каждый главарь в игре - сильный противник со своим особым набором движений. Используйте все доступные возможности, чтобы эффективно сражать хорошо обученных вояк или ниндзя.
Также Дзё может кидаться сюрикенами и использовать магию. Протагониста сопровождает пес. Ему можно давать команды по временному обезвреживанию противника. Животное предупреждает героя об опасностях и начинает лаять. Таким способом Мусаси узнает, что за пределами видимости его поджидает враг, что дает несколько секунд на подготовку к схватке.