В NinNinDays встретятся угрюмый главный герой и неуклюжая женщина-ниндзя, живущие вместе. События романтического приключения разворачиваются в Акихабаре, где игрок понаблюдает за интересным образом жизни эротичной девушки и сожительством центрального персонажа.
Сюжет начинается с того, как рассказывает о таинственных наемниках, работающий в тени предыдущих столетий. Они занимались шпионажем, создавали тайные заговоры, убивали высокопоставленных и обычных жителей. Лорды Даймё процветали, когда им служили ниндзи. В деревни своих предков могущественные воины продолжают покидать родные дома для тренировок в дань уважения традициям. Но из-за отсутствия заявок на работу, поселение превратилось в малочисленное скопление домиков на склонах гор.
Сумира получила приказ покинуть этот город, а отец, глава деревни, сказал, чтобы она продолжала тренироваться в родном месте. Из-за нехватки денег и еды она падает на обочину дороги, а её спасает протагонист. Сумира полна решимость отдать свой долг, внезапно став гостем внутри дома. По ходу прохождения их отношения будут улучшаться, пользователь узнает о расширенной истории предыдущего мира с войнами и героическими поступками ниндзя.