Свое начало UnderRail берет в далеко в будущем. Вследствие экокатастрофы человечество не может существовать на поверхности земли. Остатки людей теперь ютятся в подземных станциях метро, постепенно возрождая нацию. Но, ролевой игры не было бы, если бы между отдельными фракциями жителей не начался конфликт. Группировки Подземелья регулярно проливают кровь друг друга, от чего главному герою придется спасаться от перестрелок и битв.
Во время всего прохождения UnderRail геймер не сможет телепортироваться на заданные точки, поэтому путешествовать между станциями нужно будет на своих двоих. По ходу передвижений можно будет повстречать торговцев, простых прохожих и других местных жителей, с которыми игроку будет дана возможность пообщаться, разузнать подробности о катастрофе или получить задания. В основном, второстепенные миссии будут включать в себя поиск предметов, пересылку между гражданами или защиту мирных поселений от нападок со стороны бандитов.
В игре доступна система крафта. Она позволяет подстраивать под себя оружие и другое снаряжение, создавать броню или даже сшить тапочки из крысиного меха. Однако на крафт придется потратить очки опыта. Делать амуницию можно под конкретный вид противников, чтобы увеличить вероятность победы. Помимо этого, игрок может подбирать полезные предметы с трупов солдат или находить их в некоторых комнатах подземелья, чтобы продавать или обменивать эти вещи у торговцев. Но брать все подряд необязательно, потому что каждый определенный продавец будет готов приобрести только тот товар, который ему действительно нужен.